Jak už je letitým pravidlem, vydání nové Fedory znamená, že za měsíc končí podpora Fedory, která vyšla před rokem. Po vydání Fedory 41 přišel čas se rozloučit s Fedorou 39, která přestala dostávat aktualizace 26. listopadu. Její repozitáře jsou po tomto datu i nadále dostupné, ale už nedostávají žádné aktualizace včetně těch bezpečnostních. Uživatelům, kteří Fedoru 39 stále používají, se tak doporučuje co nejdřív přejít na novější verzi (F40 nebo F41), kde mají podporu i nadále zajištěnou.

Celková délka podpory Fedory 39 činila 384 dnů. Dostala přesně 31419 aktualizací, z nichž 823 bylo bezpečnostních.