Flatpak, který umožňuje instalovat aplikace bez ohledu na distribuci a její vydání, je ve Fedoře podporovaný už více než rok a jsou pro něj k dispozici desítky aplikací. Nicméně repozitáře flatpaků jsou poněkud roztříštěné. Každý upstreamový projekt si provozuje svůj (GNOME, KDE, LibreOffice,…). To by rád změnil Flathub, který má ambici stát se centrálním repozitářem pro flatpaky a nabízet nejnovější verze přímo od upstreamových vývojářů. Jeho vývoj je teprve v počátcích, ale už nabízí docela slušnou sadu aplikací, např.: GnomeMpv, Hexchat, Pithos, Chromium, Torcs, Bluefish, Audacity, Corebird, Darktable, TuxPuck, Freeciv, FeedReader, Frozen Bubble, Lollypop, Nautilus, Recipes, Inkscape, MegaGlest, MyPaint, Picard, SuperTux, Wesnoth, OpenArena… Další aplikace navíc přibývají každým dnem.

Používáte-li Fedora 25 Workstation a novější, můžete si stáhnout soubor flathub.flatpakrepo, poklikat na něj a pomocí GNOME Software přidat mezi repozitáře. Po další aktualizaci metadat by se měly aplikace z Flathubu objevit v katalogu. Flathub si můžete přidat také následujícím příkazem:

flatpak remote-add --if-not-exists flathub https://flathub.org/repo/flathub.flatpakrepo

Flathub také nově obsahuje další populární témata GTK v podobě rozšíření běhového prostředí. Odstraňuje tak jeden z nedostatků Flatpaku, kdy bylo podporováno pouze výchozí téma Adwaita. Momentálně jsou k dispozici témata Ambiance, Arc, Arc Dark, , Arc Darker, Breeze, Breeze Dark a Greybird.