Aplikací zabalených v novém, na distribuci nezávislém formátu Flatpak přibývá, ale doteď byla jejich instalace poněkud krkolomná. To se s příchodem Fedory 25 mění. Projekt nyní může nabídnout uživatelům ke stažení svou aplikaci ve formátech .flatpak nebo .flatpakref (první obsahuje jak aplikaci samotnou, tak instrukce k její instalaci a druhý pouze instrukce k instalaci a aplikace se stáhne během ní). Aplikace distribuované v těchto formátech může uživatel nainstalovat přes GNOME Software několika kliknutími, jak můžete vidět na příkladu LibreOffice na videu níže.

Stále je ale nutný jeden předpoklad: uživatel musí mít nastavený repozitář, který obsahuje běhové prostředí, které aplikace potřebuje. V případě LibreOffice to je „GNOME runtime“. Už i ty lze ve Fedoře 25 nově nainstalovat několika kliknutími pomocí formátu .flatpakrepo. Navíc pracovní skupina kolem Fedora Workstation zvažuje, že repozitáře s nejpoužívanějšími běhovými prostředími budou přednastavené, takže by se uživatel jejich nastavováním nemusel vůbec zabývat.