Od Fedory 35 platí, že pokud si v edici Workstation při úvodním nastavení povolíte zdroje třetích stran, nastaví se vám mezi těmito zdroji také Flathub. Ten k dnešnímu dni nabízí zhruba 2000 aplikací ve formátu Flatpak, mezi nimiž naleznete i ty proprietární, které ve Fedoře nejsou k dispozici. Doteď se ale Flathub nastavoval pouze ve filtrované podobě. Dokud si uživatel sám Flathub nepřidal, měl z tohoto zdroje k dispozici jen krátký seznam schválených aplikací.

To se změní s Fedorou 38. FESCo schválilo návrh, podle kterého se po povolení zdrojů třetích stran nastaví nefiltrovaný Flathub. Uživatel tak bude mít po zaškrtnutí jedné volby k dispozici stovky dalších aplikací včetně těch populárních jako Steam, VLC, Chrome nebo Spotify. Oficiální repozitáře Fedory ale budou mít i nadále prioritu. To znamená, že když se bude aplikace nacházet jak v repozitářích Fedory, tak na Flathubu, v GNOME Software bude vždy předvolená verze z Fedory.